Gustavo,
1 - Tem razão, eis aí outra pequena falha no filme. Acho que uma breve apresentação de quem seria aquele bando de mutantes ali presentes não cairia mal.
2 - A própria forma com que eles queriam acabar com o preconceito, por si só também era preconceituosa: transformar os mutantes em humanos ao invés de aceita-los do jeito que são com todas as suas diferenças.
Faça uma analogia com o homossexualismo: Se algum dia a ciência, com a intenção de acabar com o preconceito criasse um remédio que tornasse os gays heterossexuais você acha que todos aceitariam isso numa boa e tudo acabaria bem??? De jeito nenhum, a maioria se recusaria a tomar alegando tal medida ser preconceituosa, justamente por continuarem não aceitando eles (homossexuais) do jeito que são querendo que os mesmos fossem como eles (os heteros).
E é exatamente este o dilema vivido pelos mutantes com o anúncio da tal "cura". Não pôs fim ao preconceito cousa alguma.
3 - Isso é para dar um clima de "Happy End" ao final de um filme e possível final de uma trilogia. Mas há alguma dúvida de que este suposto clima de paz é temporário e instável? Afinal, mutantes continuam a existir, o preconceito continua a existir, mutantes "fora-da-lei" continuarão a usar seus poderes em beneficio próprio, para quebrar leis e escapar das devidas punições (a polícia realmente não consegue dar conta de todos), tudo isso gera essa sensação de temor, incerteza, insegurança, etc.
Tente transportar isso para o mundo em que vivemos. Me diga, você se sentiria tranqüilo se vivesse num mundo onde pessoas pudessem voar, manipular metais, arrancar pontes, manipular fogo, mover objetos com a mente, ficar invisível, entre os mais variados e inimagináveis tipos de "poderes", sendo você uma pessoa "comum"? Logico que não. Você, a exemplo de qualquer outra pessoa, os rejeitaria de alguma forma, seja por medo, temor ou qual seja o motivo (esta é uma reação normal do ser humano), por mais que o presidente da república apareça sorridente na TV dizendo que está tudo bem, sendo que o próprio, no fundo não deve estar tão otimista assim.
4 - Em filmes nem tudo é dado de forma mastigada. Há coisas que você precisa pescar relacionando fatos a evidências. Fica mais do que claro que o Fera já pertenceu ao X-Men quando ele diz que aquele uniforme servia nele antes. Afinal, por qual outro motivo ele teria em outra ocasião vestido o uniforme dos X-Men senão o fato de já ter pertencido ao grupo? Pra ir a uma festa a fantasia é que não foi.
Que eles trabalharam muito pouco a origem do personagem, sim eu concordo, mas é possível que eles tratem melhor disso em outras continuações do filme, pelo menos assim eu espero.